当污水和水中含有高浓度铁锰时，会在反渗透膜表面积累，铁锰离子会催化水中的氧气氧化分解反渗透膜材料，因此铁锰离子对于反渗透影响较大，需要尽量去除水中的铁锰物质。

传统的铁锰去除方法是曝气+氧化+过滤工艺，曝气和氧化可以将二价铁锰转变为三价铁锰，当PH在7以上时，形成铁锰盐氢氧化物絮凝沉淀，从而去除铁锰盐，由于水中含有微量硅酸会分散铁锰氢氧化物，难于过滤去除，也会影响反渗透产水。

新型的去除铁锰的方法是添加特种絮凝剂直接沉淀过滤去除。